v2에서 cToken 컨트랙트는 시장의 현금과 회계를 보유한다. 금리 모델은 이용률에 반응하고, 이자는 부채 잔액과 cToken 교환비율에 누적된다. Unitroller 프록시는 업그레이드 가능한 Comptroller 구현에 위험 검사를 위임한다. 계정에 부족분이 생기면 다른 주소가 부채 일부를 갚고 담보를 받으며, 설정에 따라 프로토콜 준비금도 압류분 일부를 얻는다.
v3에서는 기준자산 잔액의 부호로 예치와 부채를 구분하고, 공급·차입 지수에 초 단위로 이자를 반영한다. 담보자산은 차입 한도를 늘리지만 Comet 이자를 받지 않는다. 담보가 청산 기준을 충족하지 못하면 absorb 함수로 계정을 청산한다. 프로토콜이 기준자산 준비금으로 부채를 정리하고 담보를 가져오는 방식이다. 이후 준비금이 목표보다 적을 때 다른 매수자가 기준자산을 내고 그 담보를 할인 매수할 수 있다. 청산자가 부채 일부를 대신 갚고 담보를 가져가는 v2와는 자산 이동 경로가 다르다.
프로토콜 관리 권한은 제안·표결·집행을 맡는 계약을 거쳐 행사된다. 2025년 CompoundGovernor는 과거 시점에 기록된 COMP 위임 투표력과 제안 규칙을 적용하며, 투표력을 찬성·반대·기권으로 나누는 분할투표도 지원한다. 통과한 조치는 대기 기간을 두는 Compound Timelock에 등록된다. Timelock은 v2 매개변수와 구현, v3 시장 프록시와 설정 관리 계약인 Configurator, 새 구현을 만드는 factory 및 Comet 구현을 통제한다. 이더리움 밖 시장에는 브리지 메시지 수신 계약과 현지 Timelock이 추가된다. 비상 담당자인 Pause Guardian의 권한은 더 좁다. v2에서는 예치에 따른 cToken 발행(mint), 차입(borrow), cToken 이전(transfer), 청산 담보 이전(seize)을 멈출 수 있지만, 다시 열거나 예치금 회수(redeem)와 부채 상환(repay)을 막을 수는 없다. Comet의 담당자는 자산 공급(supply), 계정 간 이전(transfer), 인출(withdraw), 부실 계정 청산(absorb), 청산 담보 매수(buy)를 각각 멈출 수 있다. Governor 역시 이 중지 설정을 바꿀 수 있다.